Роман выстроен подобно матрешке (или «Облачному атласу» Дэвида Митчелла): здесь хитроумно перекрещиваются жизни и судьбы Анны и Омира, пребывающих по разные стороны стены в осажденном турками Константинополе 1453 года, а также пожилого энтузиаста древнегреческой литературы Зено и юного экотеррориста Сеймура в современном Айдахо, а также Констанции, которая летит к далекой экзопланете на корабле «Арго» под управлением всезнающей Сивиллы. Подобно Мари-Лоре и Вернеру в романе «Весь невидимый нам свет», все пятеро здесь — мечтатели и аутсайдеры, не теряющие надежды и посреди самого беспросветного, казалось бы, хаоса и отчаяния: «„Птичий город за облаками“ показывает, что для нас еще не все потеряно — и что важным инструментом спасения является именно литература» (Boston Globe) — например, мифическая история древнего грека Аитона, мечтающего обернуться птицей и улететь в сказочный заоблачный город…